Las montañas albergan un número significativo de la biodiversidad mundial, tanto en regiones tropicales como templadas. Notablemente, una brecha crucial en la conservación es la consideración de los patrones históricos y contemporáneos que influyen en la distribución diferencial de las especies de mamíferos pequeños de montaña y cómo el cambio climático afectará su distribución y supervivencia. El grupo de especies de ratones se distribuye a través de las montañas en Guatemala-Chiapas y América Central, que experimentaron efectos significativos de los ciclos glaciares e interglaciares. Determinamos patrones filogeográficos y demográficos de linajes de montaña de tierras bajas y altas, revelando que la radiación de linajes modernos ocurrió durante el Pleistoceno (aproximadamente hace 2.6 millones de años) a lo largo de la América Central Nuclear. En conjunto con los ciclos climáticos y la distribución de hábitats, los linajes de tierras bajas y altas mostraron un reciente aumento y disminución del tamaño de la población, respectivamente. También estimamos los rangos de distribución actuales y futuros para seis linajes, encontrando un marcado aumento en el tamaño del área para dos linajes para los cuales el tipo de vegetación y la distribución facilitarían la migración hacia elevaciones más altas. Por el contrario, tres linajes mostraron una disminución en el tamaño del rango; sus requisitos ecológicos los hacen altamente susceptibles a la pérdida futura de hábitat. Nuestros hallazgos son una clara evidencia de los impactos negativos del cambio climático futuro, mientras que nuestra capacidad para gestionar y conservar estos ecosistemas vulnerables y especies de montaña depende de nuestra comprensión de las implicaciones del cambio climático en la distribución, ecología y genética de las poblaciones de vida silvestre.