Acerca del Análisis de Datos de Secuencia de 18S rDNA de Tripanosomas en Codificación de Barras y Filogenética: Rastreando un Error de Continuación que Ocurre en la Literatura
Autores: Rackevei, Antonia S.; Borges, Alyssa; Engstler, Markus; Dandekar, Thomas; Wolf, Matthias
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Acerca del Análisis de Datos de Secuencia de 18S rDNA de Tripanosomas en Codificación de Barras y Filogenética: Rastreando un Error de Continuación que Ocurre en la Literatura
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Regiones variables
18s rdna
Codificación
Filogenética
Tripanosomas
Cebadores
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 23
Citaciones: Sin citaciones
Las regiones variables (V1-V9) del rDNA 18S se utilizan rutinariamente en la codificación y la filogenética. Al manejar estos datos para tripanosomas, hemos notado un malentendido que aparentemente ha tomado vida propia en la literatura a lo largo de los años. En particular, en los últimos años, al estudiar la relación filogenética de los tripanosomas, se estableció sistemáticamente el uso de V7/V8. Sin embargo, considerando el sistema de numeración actual para todos los demás organismos (incluidos otros Euglenozoos), V7/V8 nunca se utilizó. En Maia da Silva et al. [Parasitología 2004, 129, 549-561], V7/V8 se promovió por primera vez para la filogenética de tripanosomas, y desde entonces, más de 70 publicaciones han replicado esta nomenclatura e incluso han discutido los beneficios del uso de esta región en comparación con V4. Sin embargo, los cebadores utilizados para amplificar la región variable de los tripanosomas en realidad han amplificado V4 (en relación con el sistema de numeración actual del rDNA 18S).
Descripción
Las regiones variables (V1-V9) del rDNA 18S se utilizan rutinariamente en la codificación y la filogenética. Al manejar estos datos para tripanosomas, hemos notado un malentendido que aparentemente ha tomado vida propia en la literatura a lo largo de los años. En particular, en los últimos años, al estudiar la relación filogenética de los tripanosomas, se estableció sistemáticamente el uso de V7/V8. Sin embargo, considerando el sistema de numeración actual para todos los demás organismos (incluidos otros Euglenozoos), V7/V8 nunca se utilizó. En Maia da Silva et al. [Parasitología 2004, 129, 549-561], V7/V8 se promovió por primera vez para la filogenética de tripanosomas, y desde entonces, más de 70 publicaciones han replicado esta nomenclatura e incluso han discutido los beneficios del uso de esta región en comparación con V4. Sin embargo, los cebadores utilizados para amplificar la región variable de los tripanosomas en realidad han amplificado V4 (en relación con el sistema de numeración actual del rDNA 18S).