El color del tallo es un rasgo agronómico importante de las calabazas de cera. Sin embargo, sus genes reguladores no han sido identificados. En este estudio, se secuenciaron 105 líneas endogámicas construidas a partir de dos padres (GX-71 y MY-1) y se utilizó la secuenciación de loci de rasgos cuantitativos para explorar los genes que regulan el color del tallo en las calabazas de cera. Los resultados identificaron dos loci de rasgos cuantitativos relacionados con el color del tallo, ubicados en Chr05 (11,134,567-16,459,268) y Chr12 (74,618,168-75,712,335), respectivamente. El primero tuvo una tasa de variación fenotípica del 36.9% y un límite máximo de detección de 16.9. El segundo tuvo una tasa de variación fenotípica del 20.9% y un límite máximo de detección de 11.2. (nombrados) fueron identificados como genes candidatos involucrados en la regulación del color del tallo en las calabazas de cera. El contenido de clorofila y la expresión de y fueron significativamente más altos en las calabazas de cera con tallos verdes que en las de tallos blancos. Por lo tanto, y fueron considerados los genes reguladores principales y secundarios para el color del tallo de la calabaza de cera, respectivamente. Finalmente, se desarrollaron marcadores InDel estrechamente vinculados a para validar la predicción de los rasgos de color del tallo de la calabaza de cera en 55 líneas de germoplasma, con una precisión del 81.8%. Estos hallazgos sientan las bases para explorar la regulación genética del color del tallo de la calabaza de cera y la investigación futura sobre la mejora de la calabaza de cera.