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Usando el secuenciamiento de isoformas para el secuenciamiento de novo del transcriptoma y la identificación de genes relacionados con la tolerancia a la sequía y rasgos agronómicos en festuca alta (Schreb.)

Autores: Yang, Chunyan; Zhong, Li; Ou, Erling; Tian, Fang; Yao, Mei; Chen, Ming; Yan, Xu; Li, Yingzheng; Li, Xiaofeng; He, Ruyu; He, Jianmei; Tang, Qilin; Zhao, Degang

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Usando el secuenciamiento de isoformas para el secuenciamiento de novo del transcriptoma y la identificación de genes relacionados con la tolerancia a la sequía y rasgos agronómicos en festuca alta (Schreb.)


Categoría

Ciencias Agrícolas y Biológicas

Subcategoría

Agronomía y Ciencia de los Cultivos

Palabras clave

Altura de la planta
Macollamiento
Festuca alta
Tolerancia al estrés abiótico
Datos de transcriptoma a nivel genómico
Estrés por sequía

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 23

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
La altura de la planta y el macollaje son rasgos clave del festuca alta (Schreb.), un césped perenne ampliamente utilizado para forraje y césped en todo el mundo. Muestra una excelente tolerancia al estrés abiótico. Sin embargo, la investigación de estos rasgos a nivel genético está limitada por la falta de un genoma de festuca alta completamente secuenciado. Aquí, generamos datos de transcriptoma a nivel genómico utilizando la tecnología de secuenciación de isoformas PacBio (Iso-Seq). Obtuvimos 73,628 transcripciones con una longitud promedio de 2410 pb. Entre estas transcripciones, 42,265 (60.09%) fueron predichas como marcos de lectura abiertos completos de longitud total. El conjunto de datos contenía 11,520 repeticiones de secuencias simples; ARN no codificantes de 737 pb de longitud; y 1599 sitios de empalme alternativo en unigenes. Se identificaron sesenta y tres unigenes involucrados en la biosíntesis, catabolismo y vías de señalización del ácido abscísico. Los resultados del análisis de secuenciación de Illumina, verificados además mediante qRT-PCR, revelaron la significativa sobreexpresión de nueve unigenes bajo estrés por sequía. También se identificaron noventa y tres unigenes involucrados en el control de la altura de la planta y el macollaje, de los cuales se verificó funcionalmente que regulan el macollaje de la planta. Nuestros resultados proporcionan un valioso recurso genético sobre el transcriptoma completo del festuca alta; los genes candidatos identificados pueden ayudar a mejorar la tolerancia a la sequía y los rasgos agronómicos en festuca alta y otras plantas relacionadas.

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