Secuenciación y ensamblaje a escala de cromosomas de genomas de plantas, como un caso de uso
Autores: Istace, Benjamin; Belser, Caroline; Falentin, Cyril; Labadie, Karine; Boideau, Franz; Deniot, Gwenaëlle; Maillet, Loeiz; Cruaud, Corinne; Bertrand, Laurie; Chèvre, Anne-Marie; Wincker, Patrick; Rousseau-Gueutin, Mathieu; Aury, Jean-Marc
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Secuenciación y ensamblaje a escala de cromosomas de genomas de plantas, como un caso de uso
Categoría
Ciencias Naturales y Subdisciplinas
Subcategoría
Biología
Palabras clave
Aumento
Secuenciadores de lectura larga
Tecnologías de largo alcance
Ensamblajes de genomas de plantas
Técnicas de secuenciación
Algoritmos informáticos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 19
Citaciones: Sin citaciones
Con el auge de los secuenciadores de lectura larga y las tecnologías de largo alcance, la entrega de ensamblajes de genomas de plantas de alta calidad ya no está reservada a grandes consorcios. No solo las técnicas de secuenciación, sino también los algoritmos informáticos han alcanzado un punto en el que la reconstrucción de ensamblajes a escala cromosómica ahora es factible a escala de laboratorio. Las tecnologías actuales, en particular las tecnologías de largo alcance, son numerosas, y seleccionar la más prometedora para el genoma de interés es crucial para obtener resultados óptimos. En este estudio, resecuenciamos el genoma de la sarson amarilla, cv. Z1, utilizando el secuenciador Oxford Nanopore PromethION y ensamblamos los datos secuenciados utilizando ensambladores actuales. Para reconstruir cromosomas completos, utilizamos y comparamos tres técnicas de andamiaje de largo alcance, mapeo óptico, bibliotecas de secuenciación Omni-C y Pore-C, comercializadas por Bionano Genomics, Dovetail Genomics y Oxford Nanopore Technologies, respectivamente, o una combinación de las tres, con el fin de evaluar la capacidad de cada tecnología.
Descripción
Con el auge de los secuenciadores de lectura larga y las tecnologías de largo alcance, la entrega de ensamblajes de genomas de plantas de alta calidad ya no está reservada a grandes consorcios. No solo las técnicas de secuenciación, sino también los algoritmos informáticos han alcanzado un punto en el que la reconstrucción de ensamblajes a escala cromosómica ahora es factible a escala de laboratorio. Las tecnologías actuales, en particular las tecnologías de largo alcance, son numerosas, y seleccionar la más prometedora para el genoma de interés es crucial para obtener resultados óptimos. En este estudio, resecuenciamos el genoma de la sarson amarilla, cv. Z1, utilizando el secuenciador Oxford Nanopore PromethION y ensamblamos los datos secuenciados utilizando ensambladores actuales. Para reconstruir cromosomas completos, utilizamos y comparamos tres técnicas de andamiaje de largo alcance, mapeo óptico, bibliotecas de secuenciación Omni-C y Pore-C, comercializadas por Bionano Genomics, Dovetail Genomics y Oxford Nanopore Technologies, respectivamente, o una combinación de las tres, con el fin de evaluar la capacidad de cada tecnología.