Secuenciación y análisis del genoma mitocondrial completo de
Autores: Sun, Cheng-He; Gu, Yang-Liang; Liu, Da-Wei; Du, Hong-Wei; Lu, Chang-Hu
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Secuenciación y análisis del genoma mitocondrial completo de
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Genoma mitocondrial
Sicydiinae
Relaciones filogenéticas
PCGs
GenBank
Secuencia
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
Secuenciamos y analizamos el genoma mitocondrial completo de y exploramos las relaciones filogenéticas entre Sicydiinae basándonos en las secuencias del genoma mitocondrial. La secuencia completa del genoma mitocondrial de se determinó utilizando la plataforma de secuenciación Illumina HiSeq X Ten, y se analizaron las características estructurales de los genes y la composición de bases. Basándonos en las secuencias del genoma mitocondrial de 28 especies de Sicydiinae publicadas en GenBank y en los genes codificadores de proteínas mitocondriales (PCGs), se seleccionó (Gobionellinae) como grupo externo para construir árboles filogenéticos de Sicydiinae utilizando los métodos de máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. El genoma mitocondrial de (número de GenBank: OP764680) tiene una longitud total de 16,498 pb y codifica 13 PCGs, 22 genes de ARN de transferencia, dos genes de ARN ribosómico y una región D-loop (control). No se observa reordenamiento de genes. El genoma mitocondrial de presenta una preferencia por AT, con un sesgo AT > 0 y un sesgo GC < 0 en todo el genoma. Las relaciones filogenéticas de Sicydiinae basadas en 13 secuencias de PCG mitocondriales son + ( + ( + )) + , lo que indica que , , , y son grupos monofiléticos.
Descripción
Secuenciamos y analizamos el genoma mitocondrial completo de y exploramos las relaciones filogenéticas entre Sicydiinae basándonos en las secuencias del genoma mitocondrial. La secuencia completa del genoma mitocondrial de se determinó utilizando la plataforma de secuenciación Illumina HiSeq X Ten, y se analizaron las características estructurales de los genes y la composición de bases. Basándonos en las secuencias del genoma mitocondrial de 28 especies de Sicydiinae publicadas en GenBank y en los genes codificadores de proteínas mitocondriales (PCGs), se seleccionó (Gobionellinae) como grupo externo para construir árboles filogenéticos de Sicydiinae utilizando los métodos de máxima verosimilitud e inferencia bayesiana. El genoma mitocondrial de (número de GenBank: OP764680) tiene una longitud total de 16,498 pb y codifica 13 PCGs, 22 genes de ARN de transferencia, dos genes de ARN ribosómico y una región D-loop (control). No se observa reordenamiento de genes. El genoma mitocondrial de presenta una preferencia por AT, con un sesgo AT > 0 y un sesgo GC < 0 en todo el genoma. Las relaciones filogenéticas de Sicydiinae basadas en 13 secuencias de PCG mitocondriales son + ( + ( + )) + , lo que indica que , , , y son grupos monofiléticos.