El caballo kazajo, una raza nativa de China, demuestra una adaptabilidad excepcional y características reproductivas únicas. Este estudio exploró las diferencias en la expresión génica en los ovarios durante la fase no folicular y la fase folicular, una etapa clave del ciclo reproductivo. A través de tecnología avanzada de secuenciación de ARN, identificamos 979 genes expresados diferencialmente en el tejido ovárico, de los cuales 619 estaban regulados al alza y 360 regulados a la baja durante la fase folicular. Genes clave como BMP15, LHCGR, COL1A1 y NTRK2 regulan el desarrollo folicular a través de vías biológicas clave, incluyendo la síntesis de esteroides ováricos, la señalización PI3K-Akt y la interacción matriz extracelular-receptor. El análisis funcional reveló que estas vías afectan la producción de hormonas, la proliferación celular y el soporte estructural folicular. Nuestra investigación ha proporcionado, por primera vez, un mapa transcriptómico completo de la actividad ovárica en caballos kazajos, ofreciendo importantes conocimientos sobre los mecanismos moleculares que controlan su fertilidad. Esta investigación sienta las bases para mejorar las estrategias reproductivas y la gestión reproductiva de los animales equinos.