Secuenciación de RNA pequeño para revelar los patrones de expresión de miARN e identificar los genes objetivo en
Autores: Liu, Chang; Jiang, Yang; Yun, Ziyi; Zhang, Kexin; Zhao, Mingzhu; Wang, Yi; Zhang, Meiping; Tian, Zhuo; Wang, Kangyu
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Secuenciación de RNA pequeño para revelar los patrones de expresión de miARN e identificar los genes objetivo en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Propiedades medicinales
Ginsenósidos
MiARN
Datos de secuenciación
Genes objetivo
Procesos metabólicos
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
, reconocido por sus propiedades medicinales, depende de raíces adventicias y raíces peludas como fuentes cruciales para la producción de ginsenósidos. A pesar de la amplia utilización del ginseng, las investigaciones sobre sus miARN han sido escasas. Para abordar esta brecha, se recolectaron dos muestras de raíces adventicias de ginseng y raíces peludas de ginseng, y se realizaron la construcción y secuenciación de bibliotecas de pequeños ARN de raíces adventicias de ginseng y raíces peludas utilizando la plataforma Illumina HiSeq X Ten. El análisis de los datos de secuenciación reveló un total de 2432 miARN. Las familias de miARN más expresadas en ginseng fueron miR166 y miR396. Los resultados del análisis de expresión de miARN se utilizaron para validar el qRT-PCR. Se predijeron los genes objetivo de miARN y se realizaron anotaciones de función GO y análisis de vías KEGG en los genes objetivo. Se encontró que los miARN están principalmente involucrados en vías sintéticas y procesos biológicos en plantas, que incluyen procesos metabólicos y bioregulatorios. Las vías KEGG enriquecidas en miARN de plantas están asociadas con algunos metabolismos, especialmente el metabolismo de aminoácidos y el metabolismo de carbohidratos. Estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre los miARN y sus roles en los procesos metabólicos en ginseng.
Descripción
, reconocido por sus propiedades medicinales, depende de raíces adventicias y raíces peludas como fuentes cruciales para la producción de ginsenósidos. A pesar de la amplia utilización del ginseng, las investigaciones sobre sus miARN han sido escasas. Para abordar esta brecha, se recolectaron dos muestras de raíces adventicias de ginseng y raíces peludas de ginseng, y se realizaron la construcción y secuenciación de bibliotecas de pequeños ARN de raíces adventicias de ginseng y raíces peludas utilizando la plataforma Illumina HiSeq X Ten. El análisis de los datos de secuenciación reveló un total de 2432 miARN. Las familias de miARN más expresadas en ginseng fueron miR166 y miR396. Los resultados del análisis de expresión de miARN se utilizaron para validar el qRT-PCR. Se predijeron los genes objetivo de miARN y se realizaron anotaciones de función GO y análisis de vías KEGG en los genes objetivo. Se encontró que los miARN están principalmente involucrados en vías sintéticas y procesos biológicos en plantas, que incluyen procesos metabólicos y bioregulatorios. Las vías KEGG enriquecidas en miARN de plantas están asociadas con algunos metabolismos, especialmente el metabolismo de aminoácidos y el metabolismo de carbohidratos. Estos resultados proporcionan valiosos conocimientos sobre los miARN y sus roles en los procesos metabólicos en ginseng.