Los erizos de mar juegan un papel importante en los ecosistemas marinos. Debido a las limitaciones en los métodos de investigación anteriores, ha habido una comprensión insuficiente de las fuentes de alimento y el valor funcional ecológico de los erizos de mar morados, lo que ha llevado a una considerable controversia respecto a su posicionamiento funcional. Nos centramos en la Bahía de Daya como área de investigación, utilizando tecnología de isótopos estables y secuenciación de alto rendimiento de 16S rDNA y 18S rDNA para analizar los erizos de mar y sus posibles fuentes de alimento en áreas de piedra y algas. Los resultados mostraron que el rango de C de los erizos de mar morados en el área de piedra es de -11.42 a -8.17, y el rango de N es de 9.15 a 10.31. Sin embargo, en el área de algas, el rango de C es de -13.97 a -12.44, y el rango de N es de 8.75 a 10.14. Hubo una diferencia significativa en C entre las dos áreas (< 0.05), pero no hubo una diferencia significativa en N (> 0.05). La principal fuente de alimento para los erizos de mar morados en ambas áreas es el sedimento. Los resultados de la secuenciación de 18S rDNA revelaron que, en el área de algas, la proporción más alta en el intestino del erizo de mar fue del 57.37%. En el área de piedra, la proporción más alta fue del 76.71%. Los resultados de la secuenciación de 16S rDNA revelaron que, en el área de algas, el grupo dominante en el intestino del erizo de mar fue del 28.87%, mientras que, en el área de piedra, fue del 37.83%. La detección de diversidad reveló una diferencia significativa en el número de microbios intestinales y eucariotas entre las áreas de piedra y algas (< 0.05). Los resultados revelaron que la principal fuente de alimento de los erizos de mar morados en ambas áreas es el sedimento, pero el valor nutricional orgánico es mayor en el área de algas, y la riqueza de microbiota y eucariotas en el intestino de los erizos de mar morados en el área de piedra es mayor. Estos resultados indicaron que los erizos de mar morados son probablemente omnívoros y que el área donde ocurren impacta su crecimiento y desarrollo. Los resultados de este estudio proporcionan una base teórica para la restauración de los recursos silvestres de erizos de mar morados y la selección de áreas para la repoblación y liberación.