Los holobiontes de coral-zooxantelas son uno de los ecosistemas más productivos del océano. Con el calentamiento global y la acidificación del océano, los ecosistemas de coral enfrentan desafíos sin precedentes. Para salvar los ecosistemas de coral, necesitamos entender la simbiosis de coral-zooxantelas. Aunque se han secuenciado algunos transcriptomas de Scleractinia (corales pétreos), aún falta un transcriptoma completo y confiable debido a la corta longitud de lectura de la secuenciación de segunda generación y la incertidumbre de los resultados de ensamblaje. En este estudio, se utilizó la tecnología de secuenciación PacBio Sequel II pulida con la plataforma Illumina RNA-seq para obtener datos de transcriptoma de coral escleractinio relativamente completos y cuantificar la expresión génica. Se identificaron un total de 38,365 secuencias de consenso y 20,751 genes únicos. Se utilizaron siete bases de datos para la anotación de funciones génicas, y 19,972 genes fueron anotados en al menos una base de datos. Encontramos 131 transcriptos de zooxantelas y 18,829 transcriptos. Se identificaron un total de 6328 lncRNAs, 847 factores de transcripción (TFs) y 2 TF de zooxantelas. En zooxantelas encontramos vías relacionadas con la simbiosis, como la fotosíntesis y el metabolismo del nitrógeno. Las vías relacionadas con la simbiosis incluyen la fosforilación oxidativa y el metabolismo del nitrógeno, etc. Resumimos los isoformas y el nivel de expresión de los genes de reconocimiento de simbiontes. Entre las proteínas de membrana, encontramos tres vías de biosíntesis de glicanos, que pueden estar involucradas en el almacenamiento de materia orgánica y la estabilización de monosacáridos. Nuestros resultados proporcionan mejor material para estudiar la simbiosis del coral.