Debido al cultivo a largo plazo en invernaderos, los pepinos son susceptibles al nematodo de los nudos de las raíces (RKN), lo que resulta en una disminución del rendimiento y la calidad. El objetivo de este estudio fue investigar el efecto de RKN en la comunidad microbiana de la rizosfera del pepino. Se espera que comprender la composición de las comunidades bacterianas y fúngicas de la rizosfera y la posible interacción entre los microorganismos y RKN proporcione una referencia para el control ecológico en el futuro. Tres grupos diferentes fueron seleccionados para muestreo en función de la incidencia de RKN y la escala de agalladura de raíces (NHR, 0%, sin agalladuras en las raíces; NR, 5-15%, escala de agalladura de raíces 1-2; NS, 60-75%, escala de agalladura de raíces 4-5). Se determinaron las propiedades del suelo para evaluar el efecto en el suelo de la rizosfera. Se utilizó el secuenciamiento de alto rendimiento para examinar las comunidades bacterianas y fúngicas en el suelo de la rizosfera. Los resultados mostraron que los contenidos de nutrientes del suelo y las actividades enzimáticas fueron significativamente más bajos en el NS que en el NHR. La diversidad alfa mostró que RKN tuvo un mayor efecto en las bacterias del suelo de la rizosfera que en los hongos. En la diversidad beta, hubo diferencias significativas entre los tres grupos por PCoA ( = 0.001). Además, se seleccionaron bacterias y hongos con diferencias significativas en la abundancia relativa a nivel de género para un análisis de correlación con factores del suelo, y se realizó un análisis de correlación entre las bacterias y los hongos para estudiar sus relaciones. Un análisis de redundancia (RDA) de microorganismos de la rizosfera y propiedades del suelo mostró una correlación negativa entre los niveles de contaminación por nematodos y el contenido de nutrientes del suelo. Finalmente, se predijo la interacción entre RKN, factores del suelo y la comunidad microbiana de la rizosfera, lo que proporcionó evidencia para la prevención de RKN a través de la regulación microecológica en el futuro.