El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) es una preocupación importante a nivel mundial. El control del PRRSV es una tarea desafiante debido a varios factores, incluida la diversidad y variabilidad viral. En este estudio, evaluamos un protocolo de preparación de biblioteca de amplicones dirigido a la región ORF7 de ambas especies de PRRSV. Diseñamos cebadores con cola para un procedimiento de PCR en dos pasos que genera bibliotecas de amplicones específicas de ORF7 adecuadas para su uso en secuenciadores Illumina. Probamos el método con muestras de suero que contenían cepas de laboratorio comunes y con muestras de suero agrupadas (n = 15) recolectadas de diferentes granjas de cerdos durante 2019-2021 en Hungría. Las pruebas de muestras de suero espiked mostraron que el método recién diseñado es altamente sensible y detecta el ARN viral incluso en números bajos de copias (correspondientes a aproximadamente Ct 35). Las secuencias de ORF7 se ensamblaron fácilmente incluso a partir de muestras clínicas. Se identificaron dos variantes de secuencia diferentes en cinco muestras, y la cepa de la vacuna Porcilis MLV fue identificada como la variante menor en cuatro muestras. Un análisis en profundidad de los resultados de secuenciación profunda reveló numerosos sitios polimórficos a lo largo del gen ORF7 en un total de ocho muestras, y algunos sitios (posiciones 12, 165, 219, 225, 315, 345 y 351) se encontraron como comunes en varios especímenes clínicos. Concluimos que la secuenciación profunda de amplicones de una región altamente conservada del genoma del PRRSV podría apoyar tanto el diagnóstico de laboratorio como la vigilancia epidemiológica de la enfermedad.