La secuenciación del transcriptoma de longitud completa de PacBio revela el mecanismo de respuesta al estrés salino en
Autores: Chen, Beibei; Liu, Tingting; Yang, Zhuanying; Yang, Shaoxia; Chen, Jinhui
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
La secuenciación del transcriptoma de longitud completa de PacBio revela el mecanismo de respuesta al estrés salino en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Manglar
Mecanismo molecular
Tolerancia a la sal
Secuenciación de ARN
Análisis fisiológico
Estrés salino
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 10
Citaciones: Sin citaciones
es una especie de árbol esencial para la restauración de humedales de manglares. Estudiar su mecanismo molecular para la tolerancia a la sal podría sentar las bases para cultivar germoplasma resistente de excelente calidad. Este estudio utilizó una combinación de secuenciación de isoformas de PacBio (Iso-seq) y secuenciación de ARN BGISEQ (RNA-seq) para analizar el mecanismo molecular de respuesta al estrés salino de hojas de un año. El análisis de crecimiento y fisiología mostró que índices fisiológicos como la tasa de crecimiento, la tasa fotosintética neta y la actividad de las enzimas antioxidantes presentan cambios significativos bajo estrés salino. A partir de Iso-seq, se obtuvieron un total de 295,501 transcritos de longitud completa, con una longitud promedio de 1418 pb. RNA-seq produjo 4712 genes expresados diferencialmente (DEGs) en comparación con un grupo de control. De estos, 930 fueron identificados como coexpresados durante el análisis de secuencia temporal STEM. Además, 715 y 444 DEGs coexpresados fueron anotados mediante análisis GO y KEGG, respectivamente. Además, 318 de los DEGs coexpresados fueron anotados como genes esenciales implicados en la respuesta al estrés salino de , que estaban involucrados en factores de transcripción, transducción de señales, respuesta hormonal, homeostasis de ROS, equilibrio osmótico, síntesis o modificación de la pared celular. Estos resultados proporcionan objetivos candidatos para una mayor caracterización y ofrecen información sobre el mecanismo de tolerancia a la sal de .
Descripción
es una especie de árbol esencial para la restauración de humedales de manglares. Estudiar su mecanismo molecular para la tolerancia a la sal podría sentar las bases para cultivar germoplasma resistente de excelente calidad. Este estudio utilizó una combinación de secuenciación de isoformas de PacBio (Iso-seq) y secuenciación de ARN BGISEQ (RNA-seq) para analizar el mecanismo molecular de respuesta al estrés salino de hojas de un año. El análisis de crecimiento y fisiología mostró que índices fisiológicos como la tasa de crecimiento, la tasa fotosintética neta y la actividad de las enzimas antioxidantes presentan cambios significativos bajo estrés salino. A partir de Iso-seq, se obtuvieron un total de 295,501 transcritos de longitud completa, con una longitud promedio de 1418 pb. RNA-seq produjo 4712 genes expresados diferencialmente (DEGs) en comparación con un grupo de control. De estos, 930 fueron identificados como coexpresados durante el análisis de secuencia temporal STEM. Además, 715 y 444 DEGs coexpresados fueron anotados mediante análisis GO y KEGG, respectivamente. Además, 318 de los DEGs coexpresados fueron anotados como genes esenciales implicados en la respuesta al estrés salino de , que estaban involucrados en factores de transcripción, transducción de señales, respuesta hormonal, homeostasis de ROS, equilibrio osmótico, síntesis o modificación de la pared celular. Estos resultados proporcionan objetivos candidatos para una mayor caracterización y ofrecen información sobre el mecanismo de tolerancia a la sal de .