Transcriptoma de longitud completa de PacBio de un tetraploide proporciona información sobre la evolución de los peces de cueva
Autores: Zhang, Renyi; Duan, Qian; Luo, Qi; Deng, Lei
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Transcriptoma de longitud completa de PacBio de un tetraploide proporciona información sobre la evolución de los peces de cueva
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Pez de cueva
Transcriptoma
Microsatélites
árbol filogenético
Duplicación del genoma completo
Evolutivo
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 11
Citaciones: Sin citaciones
es un animal salvaje protegido de segunda clase a nivel nacional en China. Como uno de los peces de cueva, tiene una fuerte adaptabilidad a los duros entornos subterráneos. En este estudio, utilizamos la tecnología de secuenciación PacBio SMRT para generar un primer transcriptoma representativo de longitud completa para . El análisis de agrupamiento de secuencias obtuvo 232,126 transcritos de longitud completa. Entre todos los transcritos, 40,487 fueron anotados en bases de datos públicas, mientras que se identificaron 70,300 microsatélites, 2384 factores de transcripción y 16,321 ARN largos no codificantes. El árbol filogenético mostró que . muestra una relación más cercana a y se diversifica filogenéticamente del ancestro común hace aproximadamente 14.74 millones de años (Mya). También encontramos que entre 15.6 y 17.5 Mya, también experimentó un evento adicional de duplicación del genoma completo (WGD), lo que puede haber promovido la evolución de la especie de . Mientras tanto, las tasas generales de evolución de los poliploides fueron significativamente más altas que las de los otros ciprínidos, y se identificaron 220 genes seleccionados positivamente (PSGs) en dos subgenomas de . Estos PSGs probablemente desempeñen roles críticos en el proceso de adaptación a diversos entornos de cueva. Este estudio tiene el potencial de facilitar futuras investigaciones sobre las características genómicas de y proporcionar valiosos conocimientos para revelar la historia evolutiva de los poliploides.
Descripción
es un animal salvaje protegido de segunda clase a nivel nacional en China. Como uno de los peces de cueva, tiene una fuerte adaptabilidad a los duros entornos subterráneos. En este estudio, utilizamos la tecnología de secuenciación PacBio SMRT para generar un primer transcriptoma representativo de longitud completa para . El análisis de agrupamiento de secuencias obtuvo 232,126 transcritos de longitud completa. Entre todos los transcritos, 40,487 fueron anotados en bases de datos públicas, mientras que se identificaron 70,300 microsatélites, 2384 factores de transcripción y 16,321 ARN largos no codificantes. El árbol filogenético mostró que . muestra una relación más cercana a y se diversifica filogenéticamente del ancestro común hace aproximadamente 14.74 millones de años (Mya). También encontramos que entre 15.6 y 17.5 Mya, también experimentó un evento adicional de duplicación del genoma completo (WGD), lo que puede haber promovido la evolución de la especie de . Mientras tanto, las tasas generales de evolución de los poliploides fueron significativamente más altas que las de los otros ciprínidos, y se identificaron 220 genes seleccionados positivamente (PSGs) en dos subgenomas de . Estos PSGs probablemente desempeñen roles críticos en el proceso de adaptación a diversos entornos de cueva. Este estudio tiene el potencial de facilitar futuras investigaciones sobre las características genómicas de y proporcionar valiosos conocimientos para revelar la historia evolutiva de los poliploides.