Las técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) han revolucionado la medicina veterinaria para gatos y perros, ofreciendo información en varios ámbitos. En la parasitología veterinaria, NGS permite un perfilado completo de las poblaciones de parásitos, ayudando a comprender las dinámicas de transmisión y los mecanismos de resistencia a los medicamentos. En enfermedades infecciosas, NGS facilita la identificación rápida de patógenos, la caracterización de factores de virulencia y el seguimiento de brotes. Además, NGS arroja luz sobre los procesos metabólicos al elucidar patrones de expresión génica y vías metabólicas, esenciales para diagnosticar trastornos metabólicos y diseñar tratamientos personalizados. En enfermedades autoinmunes, NGS ayuda a identificar predisposiciones genéticas y mecanismos moleculares subyacentes a la disfunción inmunológica. La oncología veterinaria se beneficia de NGS a través del perfilado personalizado de tumores, análisis de mutaciones e identificación de objetivos terapéuticos, fomentando enfoques de medicina de precisión. Adicionalmente, NGS juega un papel fundamental en la genética veterinaria, desentrañando la base genética de enfermedades hereditarias y facilitando programas de cría para animales más saludables. Las investigaciones fisiológicas aprovechan NGS para explorar sistemas biológicos complejos, desentrañando interacciones gen-ambiente y vías moleculares que rigen la salud y la enfermedad. La aplicación de NGS en la planificación del tratamiento mejora la precisión y eficacia al permitir estrategias terapéuticas personalizadas adaptadas a animales individuales y sus enfermedades, avanzando en última instancia en la atención veterinaria para animales de compañía.