El secuenciamiento metagenómico imparcial es conceptualmente adecuado para el diagnóstico de primera línea, ya que todas las entidades infecciosas conocidas y desconocidas pueden ser detectadas, pero los costos, el tiempo de respuesta y las lecturas de fondo humanas en biofluidos complejos, como el plasma, dificultan su implementación generalizada. Las preparaciones separadas de ADN y ARN también aumentan los costos. En este estudio, desarrollamos un flujo de trabajo rápido de secuenciación de próxima generación de metagenómica imparcial (mNGS) con un método de depleción de fondo humano (HostEL) y un kit de preparación de librerías combinado de ADN/ARN (AmpRE) para abordar este problema. Enriquecimos y detectamos estándares bacterianos y fúngicos añadidos al plasma a niveles fisiológicos con secuenciación de baja profundidad.