La secuenciación de lectura larga de una sola molécula de aguacate genera marcadores de microsatélites para analizar la diversidad genética en el germoplasma de aguacate
Autores: Ge, Yu; Zang, Xiaoping; Tan, Lin; Wang, Jiashui; Liu, Yuanzheng; Li, Yanxia; Wang, Nan; Chen, Di; Zhan, Rulin; Ma, Weihong
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2019
Acceso abierto
Artículo científico
2019
La secuenciación de lectura larga de una sola molécula de aguacate genera marcadores de microsatélites para analizar la diversidad genética en el germoplasma de aguacate
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Aguacate
Transcriptoma
Marcadores SSR
Estudios genéticos
Secuencias codificantes
Factores de transcripción
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
El aguacate (Mill.) es un cultivo de frutas importante cultivado comercialmente en regiones tropicales y subtropicales. A pesar de la importancia del aguacate, hay relativamente poca información genómica disponible sobre esta especie de fruta. En este estudio, anotamos funcionalmente la secuencia del transcriptoma completo del aguacate basándonos en la tecnología de secuenciación en tiempo real de molécula única, y predijimos las secuencias de codificación (CDS), factores de transcripción (TF) y secuencias de ARN largo no codificante (lncRNA). Además, 76,777 loci de repeticiones de secuencias simples (SSR) detectados entre las 42,096 secuencias de transcripciones que contienen SSR se utilizaron para desarrollar 149,733 marcadores de secuencia de etiqueta de expresión (EST)-SSR. Se eligió aleatoriamente un subconjunto de 100 marcadores EST-SSR para un análisis que detectó 15 marcadores EST-SSR polimórficos, con un contenido de información de polimorfismo promedio de 0.45. Estos 15 marcadores pudieron caracterizar clara y efectivamente 46 accesiones de aguacate según su origen geográfico. En resumen, nuestro estudio es el primero en generar una secuencia de transcriptoma completa y desarrollar y analizar un conjunto de marcadores EST-SSR en aguacate. La aplicación de técnicas de secuenciación de tercera generación para desarrollar marcadores SSR es una herramienta potencialmente poderosa para estudios genéticos.
Descripción
El aguacate (Mill.) es un cultivo de frutas importante cultivado comercialmente en regiones tropicales y subtropicales. A pesar de la importancia del aguacate, hay relativamente poca información genómica disponible sobre esta especie de fruta. En este estudio, anotamos funcionalmente la secuencia del transcriptoma completo del aguacate basándonos en la tecnología de secuenciación en tiempo real de molécula única, y predijimos las secuencias de codificación (CDS), factores de transcripción (TF) y secuencias de ARN largo no codificante (lncRNA). Además, 76,777 loci de repeticiones de secuencias simples (SSR) detectados entre las 42,096 secuencias de transcripciones que contienen SSR se utilizaron para desarrollar 149,733 marcadores de secuencia de etiqueta de expresión (EST)-SSR. Se eligió aleatoriamente un subconjunto de 100 marcadores EST-SSR para un análisis que detectó 15 marcadores EST-SSR polimórficos, con un contenido de información de polimorfismo promedio de 0.45. Estos 15 marcadores pudieron caracterizar clara y efectivamente 46 accesiones de aguacate según su origen geográfico. En resumen, nuestro estudio es el primero en generar una secuencia de transcriptoma completa y desarrollar y analizar un conjunto de marcadores EST-SSR en aguacate. La aplicación de técnicas de secuenciación de tercera generación para desarrollar marcadores SSR es una herramienta potencialmente poderosa para estudios genéticos.