Análisis de la actividad biológica y secuenciación de genoma completo de cdhwz7 aislado de la rizosfera de en el altiplano tibetano
Autores: Yang, Xue; Xie, Yongli; Qiao, Youming; Chen, Lan; Wang, Tian; Wu, Lingling; Li, Junxi; Gao, Ying
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Análisis de la actividad biológica y secuenciación de genoma completo de cdhwz7 aislado de la rizosfera de en el altiplano tibetano
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas Generales
Palabras clave
Estudio
CDHWZ7
Genoma
Actividad biológica
Hongos patógenos
Degradación de celulosa
Fijación de nitrógeno
ácido indol-3-acético
Secuencia del genoma
Genes funcionales de biodefensa
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 22
Citaciones: Sin citaciones
Este estudio examinó la actividad biológica y el genoma de CDHWZ7 aislado de la raíz en el área salina de Dachaidan, Prefectura de Haixi, Provincia de Qinghai, China. Los resultados revelaron que CDHWZ7 exhibió una fuerte actividad de inhibición contra los hongos patógenos , , y . CDHWZ7 también demostró actividad de degradación de celulosa, actividad de fijación de nitrógeno y la capacidad de segregar ácido indol-3-acético (AIA) a 55,00 mgL. La cepa CDHWZ7 puede crecer a una concentración de sal del 3-11%, un rango de pH de 5-11 y una temperatura de 4 gradosC-18 gradosC, y muestra una buena tolerancia a la sal, tolerancia ácida y alcalina, y aptitud a bajas temperaturas. El genoma de la cepa CDHWZ7 fue secuenciado utilizando Illumina HiSeq + PacBio, revelando una estructura circular de 5,648,783 pb de longitud, conteniendo dos plásmidos intactos con un contenido de GC promedio del 35,2%, y un número total de 5672 genes codificados. Contenía 106 genes de ARNt, 42 genes de ARNr y 134 genes de ARNs. Un total de 137 genes fueron anotados como carbohidrasas, con una longitud total de bases de 3,968,396,297 pb. Los números de secuencias de codificación asignadas a la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto, Grupos de Ortólogos de Proteínas y Bases de Datos de Ontología Génica fueron 4038, 4133 y 2160, respectivamente. Un análisis adicional del genoma identificó genes que codifican actividad de quitinasa, celulasas, metabolitos secundarios, producción de fitohormonas, compuestos volátiles, metabolismo de nitrógeno y fósforo, y respuestas de resistencia a tensiones bióticas (proteína transportadora de glicina betaína, catalasa, superóxido dismutasa, proteína transportadora de potasio de baja afinidad, proteína de choque frío, proteína de choque térmico), así como genes relacionados con la proliferación, respuesta al estrés y resistencia a hongos patógenos. Por lo tanto, este estudio determinó que la cepa CDHWZ7 tiene varias excelentes características biológicas, como el antagonismo a hongos patógenos, capacidad de fijación de nitrógeno, capacidad de degradación de celulosa y capacidad de producción de AIA. La secuencia del genoma de la cepa CDHWZ7 y varios genes funcionales de biodefensa también fueron analizados, revelando el uso potencial de la cepa CDHWZ7 en el desarrollo de agentes biológicos.
Descripción
Este estudio examinó la actividad biológica y el genoma de CDHWZ7 aislado de la raíz en el área salina de Dachaidan, Prefectura de Haixi, Provincia de Qinghai, China. Los resultados revelaron que CDHWZ7 exhibió una fuerte actividad de inhibición contra los hongos patógenos , , y . CDHWZ7 también demostró actividad de degradación de celulosa, actividad de fijación de nitrógeno y la capacidad de segregar ácido indol-3-acético (AIA) a 55,00 mgL. La cepa CDHWZ7 puede crecer a una concentración de sal del 3-11%, un rango de pH de 5-11 y una temperatura de 4 gradosC-18 gradosC, y muestra una buena tolerancia a la sal, tolerancia ácida y alcalina, y aptitud a bajas temperaturas. El genoma de la cepa CDHWZ7 fue secuenciado utilizando Illumina HiSeq + PacBio, revelando una estructura circular de 5,648,783 pb de longitud, conteniendo dos plásmidos intactos con un contenido de GC promedio del 35,2%, y un número total de 5672 genes codificados. Contenía 106 genes de ARNt, 42 genes de ARNr y 134 genes de ARNs. Un total de 137 genes fueron anotados como carbohidrasas, con una longitud total de bases de 3,968,396,297 pb. Los números de secuencias de codificación asignadas a la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto, Grupos de Ortólogos de Proteínas y Bases de Datos de Ontología Génica fueron 4038, 4133 y 2160, respectivamente. Un análisis adicional del genoma identificó genes que codifican actividad de quitinasa, celulasas, metabolitos secundarios, producción de fitohormonas, compuestos volátiles, metabolismo de nitrógeno y fósforo, y respuestas de resistencia a tensiones bióticas (proteína transportadora de glicina betaína, catalasa, superóxido dismutasa, proteína transportadora de potasio de baja afinidad, proteína de choque frío, proteína de choque térmico), así como genes relacionados con la proliferación, respuesta al estrés y resistencia a hongos patógenos. Por lo tanto, este estudio determinó que la cepa CDHWZ7 tiene varias excelentes características biológicas, como el antagonismo a hongos patógenos, capacidad de fijación de nitrógeno, capacidad de degradación de celulosa y capacidad de producción de AIA. La secuencia del genoma de la cepa CDHWZ7 y varios genes funcionales de biodefensa también fueron analizados, revelando el uso potencial de la cepa CDHWZ7 en el desarrollo de agentes biológicos.