Determinar si un pez se desarrollará como macho o hembra es un tema crucial para la acuicultura, ya que puede impactar significativamente en las tasas de crecimiento, reproducción y planificación de la producción. Para el mújol de cabeza plana, un pez de valor comercial, los factores genéticos que controlan la determinación del sexo aún no están claros. En este estudio, generamos un nuevo ensamblaje genómico y comparamos datos genómicos de peces machos y hembras de dos poblaciones mediterráneas distintas (mares Egeo y Tirreno). Encontramos que un gen relacionado con el sexo, conocido anteriormente, era relevante en la población del Tirreno pero no en la del Egeo, y también identificamos otras variantes putativas asociadas al sexo que podrían desempeñar un papel en la determinación del sexo. Estos resultados sugieren que el sexo en el mújol de cabeza plana está influenciado por varios factores genéticos y probablemente también por el medio ambiente. Nuestro trabajo proporciona una nueva perspectiva para una mejor comprensión y gestión de la reproducción en esta especie.