La paloma Taihu Dianzi es una raza nativa de China, y su especial moteado, cresta y fenotipos de polidactilia son el resultado de la selección artificial y natural. Aquí, analizamos las diferencias genéticas entre tres tipos de palomas con diferentes fenotipos a nivel genómico. Se realizó un barrido selectivo basado en el índice de fijación y la relación de diversidad nucleotídica, y los resultados revelaron que estaba relacionado con la formación del distintivo moteado de la paloma Taihu Dianzi. Combinados con los resultados de estudios de asociación a nivel genómico, identificamos genes candidatos asociados con la cresta y la polidactilia. Los genes candidatos identificados en este estudio y sus variantes pueden ser útiles para comprender el mecanismo genético subyacente a los fenotipos especiales de la paloma Taihu Dianzi. Este estudio proporciona nuevas perspectivas sobre los factores genéticos que pueden influir en la formación de las características especiales de moteado, cresta y polidactilia en las palomas.