La eliminación de la malaria sigue siendo un objetivo importante que requiere la adopción de estrategias científicas y de gestión sofisticadas en la era de la pandemia de COVID-19. La llegada de la secuenciación de nueva generación (NGS) está convirtiendo la secuenciación del genoma completo (WGS) en un estándar hoy en el campo de las ciencias de la vida, ya que la genotipificación por PCR y la secuenciación dirigida proporcionan información insuficiente en comparación con el genoma completo. Por lo tanto, adaptar los enfoques de WGS a los parásitos de la malaria es pertinente para estudiar la epidemiología de la enfermedad, ya que diferentes regiones se encuentran en diferentes fases de su agenda de eliminación de la malaria. Por lo tanto, esta revisión destaca las aplicaciones de WGS en la gestión de enfermedades, los desafíos de WGS en el control de los parásitos de la malaria y, además, proporciona los roles de WGS en la búsqueda de la reducción y eliminación de la malaria. WGS tiene impactos invaluables en la investigación de la malaria y ha ayudado a los países a alcanzar rápidamente la fase de eliminación al proporcionar la información necesaria para frustrar la transmisión, la patología y la resistencia a los medicamentos. Sin embargo, para eliminar la malaria en África subsahariana (SSA), con alta transmisión de malaria, recomendamos que las máquinas de WGS estén fácilmente disponibles y sean asequibles en la región.