La tortuga de caparazón blando china, una especie acuática de importancia económica en China, muestra un considerable dimorfismo sexual: el macho es más grande y, por lo tanto, más popular en el mercado. En este estudio, obtuvimos los datos del transcriptoma completo (FL) utilizando la secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio) y analizamos la estructura del transcriptoma. En total, se obtuvieron 1,536,849 transcritos FL de alta calidad a través de la secuenciación en tiempo real de molécula única (SMRT), que luego fueron corregidos utilizando datos de secuenciación de Illumina. A continuación, se generaron 89,666 transcritos FL no redundantes después de mapear al genoma de referencia; se anotaron con éxito 291 genes de fusión y 17,366 isoformas novedosas utilizando datos de la base de datos de secuencias de proteínas no redundantes (NR), grupos de ortología eucariota (KOG), el proyecto de Ontología de Genes (GO) y la base de datos de Ortología KEGG (KO). Además, se identificaron 19,324 sitios de poliadenilación alternativos, 101,625 eventos de empalme alternativo, 12,392 ARN largos no codificantes y 5,916 factores de transcripción. Se identificaron genes sesgados hacia las hembras, mientras que otros presentaron un nivel de expresión más alto en machos que en hembras. En resumen, encontramos diferencias entre individuos machos y hembras en AS, lncRNA, genes y transcritos, que se relacionan con la vía Wnt, la meiosis de oocitos y la vía TGF-beta. Genes sesgados hacia las hembras y genes sesgados hacia los machos desempeñaron roles importantes en la determinación del sexo. Los transcritos FL son un recurso valioso para caracterizar el transcriptoma, sentando las bases para futuras investigaciones sobre los mecanismos de determinación del sexo.