Secuenciación del transcriptoma de Revela patrones de expresión relacionados con los brotes de Genes en
Autores: Wang, Xuxia; Huang, Xing; Chen, Lisha; Xie, Zhouli; Tan, Shibei; Qin, Xu; Chen, Tao; Huang, Yanlei; Xi, Jingen; Chen, Helong; Yi, Kexian
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
Secuenciación del transcriptoma de Revela patrones de expresión relacionados con los brotes de Genes en
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Especies
Producción de fibra
Análisis transcriptómico
Genes
Análisis de expresión
Deficiencia de nutrientes
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 13
Citaciones: Sin citaciones
las especies se cultivan ampliamente para la producción de fibra. Sin embargo, la base molecular del desarrollo de la fibra de agave no se ha comprendido bien. En este estudio, realizamos un análisis transcriptómico en una variedad bien conocida por su producción de fibra de alta calidad. Se obtuvieron aproximadamente 43.87 millones de lecturas limpias utilizando secuenciación Illumina. El ensamblaje de novo produjo 66,746 unigramos, de los cuales el 54% fueron anotados en una base de datos pública. En la base de datos Nr, se mostró que 21,490 unigenes estaban más estrechamente relacionados con otros. Se obtuvieron nueve ortólogos con regiones codificantes completas, que fueron nombrados. El árbol filogenético de máxima verosimilitud reveló la expansión específica de especies de genes en arroz y agave. El análisis de expresión sugirió la correlación negativa entre la expresión de genes y la tasa de crecimiento de las hojas, excepto en un caso. Además, los genes fueron afectados diferencialmente por estrés abiótico y biótico. Notablemente, el nivel de expresión se incrementó significativamente después de la infección. La deficiencia de nutrientes también influye en la expresión de los genes. En conjunto, nuestra investigación beneficiará futuros estudios relacionados con el desarrollo de fibra, la resistencia a enfermedades y el uso de nutrientes en agave.
Descripción
las especies se cultivan ampliamente para la producción de fibra. Sin embargo, la base molecular del desarrollo de la fibra de agave no se ha comprendido bien. En este estudio, realizamos un análisis transcriptómico en una variedad bien conocida por su producción de fibra de alta calidad. Se obtuvieron aproximadamente 43.87 millones de lecturas limpias utilizando secuenciación Illumina. El ensamblaje de novo produjo 66,746 unigramos, de los cuales el 54% fueron anotados en una base de datos pública. En la base de datos Nr, se mostró que 21,490 unigenes estaban más estrechamente relacionados con otros. Se obtuvieron nueve ortólogos con regiones codificantes completas, que fueron nombrados. El árbol filogenético de máxima verosimilitud reveló la expansión específica de especies de genes en arroz y agave. El análisis de expresión sugirió la correlación negativa entre la expresión de genes y la tasa de crecimiento de las hojas, excepto en un caso. Además, los genes fueron afectados diferencialmente por estrés abiótico y biótico. Notablemente, el nivel de expresión se incrementó significativamente después de la infección. La deficiencia de nutrientes también influye en la expresión de los genes. En conjunto, nuestra investigación beneficiará futuros estudios relacionados con el desarrollo de fibra, la resistencia a enfermedades y el uso de nutrientes en agave.