El burro gris de Huaibei (HGD) es una especie en peligro de extinción y una raza nativa vital en la provincia de Anhui, China. Sin embargo, su mitogenoma completo, filogenia y origen materno siguen siendo inciertos. Los objetivos de este estudio fueron detectar la diversidad genética del HGD e investigar su relación filogenética con otras razas para informar la gestión de conservación. El mitogenoma completo del HGD fue secuenciado a través de secuenciación de nueva generación, y la región más variable en el ADN mitocondrial, el bucle de desplazamiento (D-loop), fue amplificada mediante una reacción en cadena de la polimerasa (PCR). A continuación, utilizamos la red de unión mediana (MJN) para calcular las relaciones genéticas entre poblaciones y el método de unión vecina para construir un árbol filogenético y especular sobre su origen. Los resultados mostraron que el mitogenoma contiene 22 tARN, 2 rARN, 13 PCG y 1 región D-loop. Al analizar la región D-loop de los HGD, identificamos 23 sitios polimórficos y 11 haplotipos. La diversidad de haplotipos y nucleótidos fue de 0.87000 (Hd) y 0.02115 (Pi), respectivamente. El análisis de MJN indicó que el HGD potencialmente tiene dos linajes maternos, y el análisis filogenético indicó que el linaje somalí podría ser el centro de domesticación más probable para esta raza. Por lo tanto, nuestro análisis de mitogenoma destaca la alta diversidad genética del HGD, que puede haber tenido su origen en el asno salvaje somalí, a diferencia del asno salvaje asiático. Este estudio proporcionará un recurso útil para la conservación y cría del HGD.