Secuenciación dirigida del brazo corto del cromosoma 6V de un pariente del trigo para el desarrollo de marcadores y la búsqueda de genes
Autores: Zhang, Xu; Wan, Wentao; Li, Mengli; Yu, Zhongyu; Liu, Jia; Holuová, Kateina; Vrána, Jan; Doleel, Jaroslav; Wu, Yufeng; Wang, Haiyan; Xiao, Jin; Wang, Xiue
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2021
Acceso abierto
Artículo científico
2021
Secuenciación dirigida del brazo corto del cromosoma 6V de un pariente del trigo para el desarrollo de marcadores y la búsqueda de genes
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Agronomía y Ciencia de los Cultivos
Palabras clave
Cromosoma 6v
Gen de resistencia
Oídio
Ensamblaje
Genes
Marcadores
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 21
Citaciones: Sin citaciones
El brazo corto del cromosoma 6V (6VS) ha sido utilizado en programas de mejoramiento de trigo para introducir genes de resistencia contra el mildiu polvoriento (Pm) y algunos otros genes. En este estudio, 6VS fue separado por flujo de la línea de adición ditelosómica de trigo Dt6VS y secuenciado mediante tecnología Illumina. Se construyó un ensamblaje de 230.39 Mb con un contig N50 de 9.788 pb. En total, se anotaron 3,276 genes de alta confianza respaldados por datos de secuenciación de ARN. Los elementos repetitivos representaron el 74.91% del ensamblaje de 6VS. Se identificaron los genes homólogos de 6VS en el grupo homólogo 6 en seis especies de Triticeae confirmando sus relaciones de sintenia. De los 45 proteínas de dominio NB-ARC identificadas en 6VS, 15 estaban sobreexpresadas y podrían estar involucradas en la inmunidad innata al Pm. El alto peso de mil granos (TGW) para la línea de translocación 6VS/6AL no se atribuyó a un gen específico. Basado en las diferencias en el tamaño de los intrones, se desarrollaron 119 marcadores intrónicos (IT) para rastrear los cromatinas 6VS introducidos en el fondo de trigo. La secuencia del genoma ensamblado de 6VS y los marcadores IT específicos de 6VS desarrollados en este trabajo facilitarán la exploración génica y la utilización de genes agronómicamente importantes en 6VS.
Descripción
El brazo corto del cromosoma 6V (6VS) ha sido utilizado en programas de mejoramiento de trigo para introducir genes de resistencia contra el mildiu polvoriento (Pm) y algunos otros genes. En este estudio, 6VS fue separado por flujo de la línea de adición ditelosómica de trigo Dt6VS y secuenciado mediante tecnología Illumina. Se construyó un ensamblaje de 230.39 Mb con un contig N50 de 9.788 pb. En total, se anotaron 3,276 genes de alta confianza respaldados por datos de secuenciación de ARN. Los elementos repetitivos representaron el 74.91% del ensamblaje de 6VS. Se identificaron los genes homólogos de 6VS en el grupo homólogo 6 en seis especies de Triticeae confirmando sus relaciones de sintenia. De los 45 proteínas de dominio NB-ARC identificadas en 6VS, 15 estaban sobreexpresadas y podrían estar involucradas en la inmunidad innata al Pm. El alto peso de mil granos (TGW) para la línea de translocación 6VS/6AL no se atribuyó a un gen específico. Basado en las diferencias en el tamaño de los intrones, se desarrollaron 119 marcadores intrónicos (IT) para rastrear los cromatinas 6VS introducidos en el fondo de trigo. La secuencia del genoma ensamblado de 6VS y los marcadores IT específicos de 6VS desarrollados en este trabajo facilitarán la exploración génica y la utilización de genes agronómicamente importantes en 6VS.