La patogénesis y progresión de las patologías inflamatorias de la rodilla están parcialmente moduladas por los macrófagos residentes en la almohadilla de grasa infrapatelar (IFP), por lo tanto, la polarización de los macrófagos hacia fenotipos proinflamatorios (M1) o antiinflamatorios (M2) es importante en las patologías de enfermedades articulares. La alteración del equilibrio M1/M2 contribuye a la iniciación y progresión de la inflamación articular y potencialmente puede ser modificada con terapia de células madre mesenquimales (MSC). En un modelo de rata con inflamación sinovial/IFP aguda se realizó una única inyección intraarticular de IFP-MSC, teniendo como controles (1) ratas enfermas que no recibieron IFP-MSC y (2) ratas sanas. Después de 4 días, se realizó un perfil transcripcional específico de células a través de secuenciación de ARN de célula única en tejido IFP aislado de cada grupo. Se identificaron ocho poblaciones celulares transcriptómicamente distintas dentro del IFP en los tres grupos de tratamiento con una diferencia notable en la proporción de células mieloides en los grupos. Mayoritariamente, las células mieloides consistían en macrófagos (>90%); un subgrupo M1 expresaba altos niveles de marcadores proinflamatorios y dos subgrupos M2 con uno de ellos expresando niveles más altos de marcadores canónicos M2. Notablemente, las muestras enfermas (11.9%) tenían la menor proporción de células que expresaban marcadores M2 en comparación con las muestras sanas (14.8%) y tratadas con MSC (19.4%). Estos resultados sugieren una polarización fenotípica de los macrófagos de IFP hacia el fenotipo M1 proinflamatorio en un modelo agudo de inflamación, que son aliviados por la terapia con IFP-MSC induciendo un cambio hacia un estado M2 alternativo. La comprensión de la heterogeneidad celular de IFP y los programas transcripcionales asociados pueden ofrecer información sobre estrategias terapéuticas novedosas para las patologías de enfermedades articulares discapacitantes.