La pudrición de raíces en , un cultivo económicamente vital, es una barrera crítica para su desarrollo sostenible en China. Para elucidar los mecanismos microecológicos subyacentes, este estudio tuvo como objetivo caracterizar y comparar las comunidades microbianas del rizosfera de plantas sanas y enfermas del Cuenca de Qaidam. Empleamos la secuenciación de amplicones de longitud completa de PacBio para analizar las poblaciones bacterianas y fúngicas, complementadas con análisis de redes y ensayos antagonistas in vitro. Los resultados indicaron que, aunque la riqueza de especies microbianas era similar, las estructuras de las comunidades de suelos sanos y enfermos eran fundamentalmente diferentes, lo que sugiere que la enfermedad es impulsada principalmente por disbiosis microbiana en lugar de pérdida de especies. El suelo sano estaba enriquecido con beneficiosos , mientras que el suelo enfermo estaba dominado por el patógeno , con una abundancia 6.7 veces mayor que la del suelo sano. El análisis de redes reveló que la comunidad fúngica sana era significativamente más estable (índice de modularidad: 0.818) que la red enferma (0.4131), donde ocupaba una posición central. Crucialmente, las cepas aisladas del suelo sano exhibieron una fuerte actividad antagonista contra , con una tasa de inhibición promedio que superó el 75%. Este estudio identifica como el patógeno clave de la pudrición de raíces de Goji y como un potente agente de biocontrol, proporcionando una base científica para una estrategia de control microecológico sostenible.