Los reptiles cautivos criados con fines económicos y medicinales están frecuentemente expuestos a parásitos intestinales, lo que puede comprometer su salud y reducir el éxito reproductivo. Debido a que su valor económico deriva en gran medida del uso medicinal, se les describe como reptiles con valor económico impulsado por la medicina. En este estudio, examinamos muestras fecales de dos especies cultivadas comercialmente, el gecko tokay y el escinco de cola azul chino, utilizando secuenciación de alto rendimiento para perfilar sus comunidades eucariotas intestinales e identificar géneros parasitarios patógenos. La proporción general de infección por parásitos fue del 57.1% (12/21) en escincos de cola azul chinos y del 42.9% (9/21) en geckos tokay. Notablemente, se detectó exclusivamente en escincos de cola azul chinos, con su prevalencia mostrando una diferencia altamente significativa entre los dos hospedadores. Ciertos parásitos mostraron asociaciones positivas con hongos y otros microorganismos intestinales, sugiriendo interacciones ecológicas potenciales que pueden influir en el curso de las infecciones. En conjunto, estos hallazgos destacan la naturaleza específica del hospedador de los patrones de infección por parásitos y subrayan la importancia de monitorear la dinámica de los parásitos como parte de las estrategias de manejo de la salud en los sistemas de cría de reptiles.