La atención médica para los perros domésticos ahora es respetada en todo el mundo como estando a un nivel similar al de los humanos. Anteriormente establecimos un método de prueba para determinar el ADN mitocondrial completo (ADNmt) utilizando ADN de mucosa oral que puede ser útil para la atención médica y el bienestar. Sin embargo, los tipos de muestras probadas en perros no se limitan a las obtenidas de la mucosa oral. Por lo tanto, en el presente estudio, intentamos establecer un método de prueba para determinar las secuencias completas de ADNmt utilizando heces, que representan el espécimen menos invasivo. Se utilizaron dos perros domésticos japoneses en el presente estudio. Se extrajo ADN de aproximadamente 100 mg de heces frescas de cada perro, y se realizaron PCR utilizando cuatro pares de cebadores que pueden amplificar el ADNmt completo. Después de la PCR, los amplicones se agruparon para crear una biblioteca de ADN utilizando un robot experimental con un programa original. Luego se adquirieron datos a través de NGS y se realizó el análisis de datos. Los resultados mostraron que la secuencia completa de ADNmt de los dos perros se determinó con alta precisión. Nuestros resultados sugieren que las heces pueden adaptarse para pruebas de enfermedades mitocondriales e identificación individual y podrían servir como un método de prueba útil para la atención médica y el bienestar futuros de los perros domésticos.