La acumulación de clorofila y glicoalcaloides antinutricionales en los tubérculos de patata como resultado de la exposición a la luz ha sido ampliamente reconocida como una causa de pérdida de calidad impredecible de los tubérculos de patata. Aunque la regulación transcripcional de la acumulación de clorofila y glicoalcaloides inducida por la luz ha sido investigada extensamente, los mecanismos de regulación post-transcripcional a través de miARN permanecen en gran parte inexplorados. Un modelo experimental, los tubérculos de patata, se utilizaron para identificar interacciones diana de miARN (MTIs) sensibles a la luz relacionadas con el reverdecimiento del tubérculo y la biosíntesis de glicoalcaloides empleando enfoques multi-ómicos (miARN-seq y degradoma-seq). En total, se identificaron 732 miARN maduros únicos en . En total, 6335 transcritos diana únicos fueron cortados por 489 miARN conocidos y 153 miARNs novedosos. Los resultados revelaron que los miARN sensibles a la luz pueden agruparse en ocho clusters temporalmente relacionados y desempeñar roles importantes en varios procesos fisiológicos como el crecimiento de las plantas, respuestas al estrés y metabolismo primario y secundario. Los análisis multi-ómicos han revelado que la modulación de la abundancia de transcritos de , y por miARNs sensibles a la luz es fundamental para su función en respuestas de tolerancia cruzada tanto a estreses abióticos como bióticos. Además, nuestros hallazgos sugieren que muchos miARNs sensibles a la luz son reguladores cruciales en varias vías biosintéticas, incluida la biosíntesis de tetrapirroles, suberina y esteroides. Estos hallazgos resaltan el papel significativo de los miARNs sensibles a la luz en las vías metabólicas secundarias, particularmente en la biosíntesis de isoprenoides, terpenoides y glicoalcaloides, y tienen implicaciones para la manipulación precisa de las vías metabólicas para producir nuevas variedades de patata con una resistencia mejorada al reverdecimiento y niveles más bajos de glicoalcaloides.