El cáncer de mama es el cáncer más comúnmente diagnosticado en el mundo, siendo el cáncer de mama triple negativo (TNBC) el 12% de estos diagnósticos. Los tumores de TNBC son altamente heterogéneos tanto en los perfiles de expresión génica intertumoral como intratumoral, donde forman poblaciones subclonales de diferentes niveles de agresividad. Estos aspectos dificultan el estudio y tratamiento del TNBC, requiriendo más investigación sobre la heterogeneidad tumoral, así como sobre posibles objetivos terapéuticos y biomarcadores. Recientemente, se descubrió que la mayoría del genoma transcrito está compuesto por ARN no codificantes, en particular ARN largos no codificantes (lncARN). Los lncARN son transcritos de más de 200 nucleótidos de longitud que no codifican una proteína. Se han caracterizado como moléculas reguladoras y su expresión puede asociarse con un fenotipo maligno. Nos propusimos explorar la heterogeneidad tumoral de TNBC in vivo a nivel de una sola célula para investigar si la expresión de lncARN varía entre diferentes células dentro del tumor, incluso si las células provienen de la misma línea celular, y si la expresión de lncARN es suficiente para definir subpoblaciones celulares. Aplicamos el perfilado de expresión de una sola célula debido a su capacidad para capturar señales de expresión de lncARN expresados en pequeñas subpoblaciones de células. En general, observamos que la mayoría de los lncARN se expresan a niveles bajos, pero detectables en xenoinjertos de TNBC, con una mediana de 25 lncARN detectados por célula. La expresión de lncARN por sí sola fue insuficiente para definir una subpoblación de células, y los lncARN mostraron patrones de expresión altamente heterogéneos, incluyendo expresión ubicua, expresión específica de subpoblación y un patrón híbrido de lncARN expresados en varias, pero no en todas, las subpoblaciones. Estos hallazgos refuerzan que se pueden identificar subpoblaciones celulares definidas transcripcionalmente en xenoinjertos derivados de líneas celulares, y utilizan RNA-seq de una sola célula (scRNA-seq) para detectar y caracterizar la expresión de lncARN a través de estas subpoblaciones en tumores xenoinjertados. Los estudios futuros se centrarán en investigar la distribución espacial de los lncARN dentro de los xenoinjertos y tejidos de pacientes, y estudiar el potencial de los lncARN específicos de subclones como nuevos objetivos terapéuticos y/o biomarcadores.