La filogenia de los Chytridiomycota, un grupo de hongos, no pudo ser bien resuelta con los genes marcadores de rRNA estándar. Típicamente, se utilizó la información de la secuencia primaria en comparaciones de secuencias y en la inferencia de relaciones entre secuencias. Sin embargo, incluir información sobre la estructura secundaria del ARN mejora la precisión y la robustez en las reconstrucciones de árboles filogenéticos. Por lo tanto, en este estudio, reconstruimos una filogenia de secuencia-estructura del gen de rRNA ITS2 utilizando simultáneamente la secuencia primaria de ARN y la información sobre la estructura secundaria del ARN en la inferencia de alineamientos y árboles. Mostramos un árbol de secuencia-estructura ITS2 bien soportado para organismos seleccionados de los Chytridiomycota.