Mejorar el crecimiento y la salud en el destete sigue siendo una prioridad en la producción porcina. Este estudio investiga si la suplementación con galacto-oligosacáridos (GOS) seguida de xilo-oligosacáridos (XOS) mejora el rendimiento y la salud intestinal de lechones sanos de 28 días en el destete. Los cerdos recibieron una dieta basal de control (CON), la dieta CON que contenía 1% de GOS durante 7 días seguida de la dieta CON que contenía 0.017% de XOS durante 47 días (GXOS), o la dieta CON durante 7 días seguida de la dieta CON que contenía 0.017% de XOS durante 47 días (XOS). El peso corporal, el aumento diario promedio, la ingesta diaria promedio de alimento y la relación de conversión alimenticia no diferieron entre las dietas desde el día 1 del destete (d1) hasta el d54. En el d7, los cerdos GXOS mostraron una mayor alfa-diversidad en el yeyuno y el ciego (Shannon, Simpson inverso), una beta-diversidad ileal distinta (Yu y Clayton, Bray-Curtis, Jaccard) y una mayor producción de ácidos grasos de cadena corta; no hubo taxa que permanecieran diferencialmente abundantes para el d22, y el grupo XOS no mostró cambios en la microbiota a lo largo del estudio. La densidad de células caliciformes en el yeyuno fue menor en los cerdos GXOS en el d7. La expresión génica en el yeyuno y el ciego fue transitoriamente mayor en los cerdos GXOS en el d7, mientras que para el d22 las diferencias en citoquinas/quimioquinas se resolvieron, mientras que la fosfatasa alcalina intestinal se reguló al alza en el íleon y el ciego (XOS) y el colon (GXOS y XOS). El cambio secuencial de prebióticos y el inicio retrasado de XOS probablemente perdieron la ventana inmediata post-destete, durante la cual la microbiota intestinal es más receptiva a la modulación dietética, limitando así las posibles ganancias en rendimiento; por lo tanto, el momento, la secuencia y la duración de los prebióticos son críticos para lograr beneficios funcionales en el destete.