Las mitocondrias de las plantas desempeñan un papel crucial en varios procesos de síntesis y conversión de energía celular y son esenciales para el crecimiento de las plantas. El berro () es una hortaliza de crecimiento rápido con una fuerte adaptabilidad y amplio rango de cultivo, y posee un alto valor nutricional. En nuestro estudio, ensamblamos el genoma mitocondrial utilizando las plataformas de secuenciación Illumina y Nanopore. Los resultados revelaron que el mapa del genoma mitocondrial del berro tiene una estructura circular de 384,074 pb, conteniendo 28 genes de ARNt, 3 genes de ARNr y 34 genes que codifican proteínas. Se detectaron un total de 87 loci de SSR (repetición de secuencia simple), con un 99% compuesto por repeticiones palindrómicas y repeticiones directas, mientras que no se identificaron repeticiones complementarias. El análisis de preferencia de codones indicó que el berro prefiere usar codones que codifican leucina, isoleucina y serina con una preferencia por los codones que terminan en A/U. El análisis filogenético mostró que el berro está estrechamente relacionado con especies de , , , y , con la relación evolutiva más cercana observada con y . Este estudio proporciona un recurso valioso para el estudio de la evolución y la cría molecular del berro.