El color del plumaje es uno de los rasgos más importantes que caracterizan a las razas de gallinas. Las gallinas de hueso negro constituyen un grupo específico de razas con un fenotipo único. Uno de los representantes es el Ayam Cemani de Indonesia. El extraordinario fenotipo negro resulta de una reordenación cromosómica específica. Utilizamos CDS completos de un gen crucial relacionado con el color, que juega un papel clave en la distribución de la melanina, pero que no se había estudiado previamente en el Ayam Cemani. Resultó que los individuos de Ayam Cemani poseen una mutación no sinónima recién encontrada G355A que resulta en la sustitución de aminoácido D119N. Junto con la presencia de G274A (E92K), la nueva variante de cambio de sentido nos permitió distinguir un nuevo alelo negro extendido en el locus E. Todas las aves investigadas eran heterocigotas en términos de la nueva mutación. Estudios previos y nuestros propios resultados indican un alto nivel de variación genética dentro del gen, tanto dentro como entre las razas de gallinas. Además de las mutaciones clave que hacen posible distinguir alelos mayores particulares, también hay numerosas sustituciones que otorgan a los haplotipos más características para razas individuales.