La Visualización Diferencial (DD) es una técnica ampliamente utilizada en estudios de expresión diferencial. La mayoría de estos análisis, especialmente los que involucran especies de peces, se limitan a especies de Norteamérica y Europa o a especies comerciales, como los salmónidos. Los estudios relacionados con especies de peces sudamericanos están poco explorados. Por lo tanto, el presente trabajo tuvo como objetivo describir modificaciones de la técnica DD para mejorar los resultados relacionados con el aislamiento de DET (transcritos de expresión diferencial), utilizando Leporinus macrocephalus, una gran especie sudamericana explotada comercialmente, como diseño de pez. Se aplicaron diferentes enfoques de DDRT-PCR a muestras de cerebro y los productos de las reacciones se analizaron en geles de poliacrilamida al 6% teñidos con nitrato de plata (AgNO₃) al 0,17%. El uso de reacciones de PCR en condiciones de alta rigurosidad y oligonucleótidos más largos basados en secuencias centrales VNTR (Número Variable de Repeticiones en Tándem) condujo a mejores resultados en comparación con las condiciones de PCR de baja rigurosidad y el uso de oligonucleótidos decámeros. El enfoque mejorado permitió el aislamiento de transcritos expresados diferencialmente en machos y hembras adultos de L. macrocephalus. Este estudio indica que algunas modificaciones en el método DDRT-PCR pueden garantizar el aislamiento de DET de diferentes tejidos de peces y el desarrollo de datos robustos relacionados con este enfoque.