La deposición de grasa subcutánea es un índice importante para evaluar los patos de carne y afecta su calidad de carne y tasa de conversión alimenticia. Estudiar los genes expresados diferencialmente en la grasa subcutánea ayudará a comprender de manera integral los mecanismos potenciales que regulan la deposición de grasa en los patos. En este estudio, se seleccionaron 72 patos Pekín Nankou 1 y 72 patos Pekín Jingdian (mitad machos y mitad hembras) a los 42 días de edad para el análisis de rendimiento de sacrificio y transcriptoma. Los resultados mostraron que el rendimiento de músculo pectoral de los patos Nankou 1 fue significativamente mayor que el de los patos Jingdian, pero que el rendimiento de grasa abdominal y el rendimiento de grasa subcutánea fueron mayores que los de los patos Jingdian. Se detectaron miles de DEGs, incluidos muchos genes importantes involucrados en la regulación del metabolismo de grasas, mediante transcriptoma. El análisis de enriquecimiento de KEGG mostró que los DEGs estaban significativamente enriquecidos en vías como la regulación de la lipólisis en adipocitos, la biosíntesis de ácidos biliares primarios y la biosíntesis de ácidos grasos insaturados. SCD, FGF7, LTBP1, PNPLA3, ADCY2 y ACOT8 fueron seleccionados como genes candidatos para regular la deposición de grasa subcutánea. Los resultados indicaron que Nankou 1 tenía una capacidad superior de deposición de grasa en comparación con los patos Jingdian, y que los genes candidatos regulaban la deposición de grasa al regular la síntesis y descomposición de grasa.