La creciente demanda global de proteínas animales de alta calidad subraya la necesidad de avances sostenibles en la producción de carne de cerdo. Si bien los rasgos de calidad de la carne están influenciados por múltiples factores genéticos, sus mecanismos regulatorios moleculares siguen siendo incompletamente comprendidos. La evidencia emergente indica que el ADN circular extracromosómico (eccDNA), ADN circular de doble cadena derivado del ADN cromosómico, participa en la regulación de la biología muscular, sin embargo, su relevancia funcional en los cerdos sigue sin explorarse. Aquí, realizamos el primer análisis integral de los perfiles de eccDNA en el músculo dorsal más largo de los cerdos utilizando la tecnología Circle-seq, comparando dos poblaciones de cerdos. Nuestros análisis preliminares revelaron diferencias significativas en la abundancia de eccDNA, patrones de distribución de tamaño y ubicaciones genómicas. A través de un análisis integrado de RNA-seq, identificamos genes diferencialmente expresados asociados a eccDNA (eccDEGs) enriquecidos en vías de metabolismo de lípidos y descubrimos redes regulatorias potenciales vinculadas a rasgos de calidad de la carne de cerdo. Estos hallazgos proporcionan nuevas perspectivas sobre la regulación genética mediada por eccDNA del desarrollo muscular y ofrecen nuevos objetivos para la optimización de la cría.