Los parásitos entéricos representan amenazas significativas para la salud humana y veterinaria, ocupando un lugar destacado entre las principales causas de mortalidad en todo el mundo. Las aves acuáticas migratorias silvestres, como los patos, pueden servir como hospedadores y vectores de estos parásitos, facilitando su transmisión a través de los ecosistemas. Este estudio realizó un análisis molecular de parásitos entéricos en tres especies de patos silvestres del género de Portugal, enfocándose en sp., spp., spp., y . Se analizaron muestras fecales de 71 patos utilizando técnicas de PCR y secuenciación. Los resultados revelaron una ocurrencia del 2.82% del subtipo 7 de sp. y , marcando la primera detección molecular de estos patógenos en patos silvestres en Portugal. Si bien estudios previos han documentado estos parásitos en spp. en otras regiones, este estudio aporta datos novedosos específicos al contexto portugués. No se encontró evidencia de spp. o . Estos hallazgos destacan el papel potencial de los patos migratorios como vectores de protozoos zoonóticos, enfatizando la necesidad de una vigilancia mejorada de las poblaciones aviares para mitigar los riesgos de transmisión entre especies. Se justifica una investigación adicional para comprender las implicaciones de salud pública global asociadas con las aves acuáticas migratorias.