Antecedentes: Se tomaron un total de 396 muestras de los corazones, esófagos y diafragmas de 132 caballos sacrificados en mataderos en 2023 para su posterior examen. Métodos: El método histológico reveló cambios patomorfológicos en el tejido muscular. El método molecular identificó las especies patógenas. Resultados: El examen histológico reveló quistes de paredes gruesas con septos internos y numerosos bradizoítos, así como células inflamatorias mononucleares con infiltrados pericistales. Las muestras de microquistes fueron amplificadas mediante reacción en cadena de la polimerasa. El análisis genético molecular permitió la identificación de 18 sarcocistos. El análisis filogenético de los aislados reveló tres clados separados de y dos clados separados de . La comparación y el análisis filogenético revelaron una relación muy estrecha entre las especies identificadas y otras secuencias de ADN equino de China y Japón. Basado en los resultados obtenidos, se determinó la situación epizoótica y el nivel parasitario de contaminación por sarcocistosis en caballos en el norte de Kazajistán. Conclusión: Este es el primer estudio histológico y molecular para identificar spp. aislados de formas microscópicas de sarcocistos equinos en el norte de Kazajistán. Esta investigación contribuirá a la lucha contra la propagación de la sarcocistosis en la República de Kazajistán y nos permitirá desarrollar propuestas para mejorar los mecanismos de control de la sarcocistosis.