La enfermedad del tronco de la vid (GTD) es una amenaza importante para la propagación de la vid, afectando gravemente el crecimiento y desarrollo de las vides jóvenes. Como una de las enfermedades vegetales más destructivas del mundo, el GTD se propaga fácilmente a través del material de propagación y amenaza la sostenibilidad de los viñedos. Aunque existen tratamientos efectivos y biológicamente amigables, estos aún no están disponibles. Este estudio investigó el rendimiento del injerto, el potencial de crecimiento de los injertos heterogéneos de vid y las respuestas fenólicas, centrándose en (i) el estado de salud del injerto de GTD (saludable-HLT; asintomático-ASYM; sintomático-SYM) y (ii) los métodos de desinfección. Injertar con injertos HLT logró las tasas de rendimiento más altas, particularmente con Serenade ASO (75%) y BioAction ES (79%), mientras que los injertos infectados mostraron rendimientos más bajos. El potencial de crecimiento de los injertos no se vio afectado por el método de desinfección ni por el estado de salud de los injertos. La composición fenólica varió entre injertos, callo de injerto, cañas de portainjerto y raíces, siendo el estado de salud del injerto el que influyó fuertemente en la mayoría de los metabolitos. Se observaron niveles más altos de flavanoles en injertos HLT tratados con BioAction ES y Serenade ASO, con estos tratamientos resultando en niveles de dimers de proantocianidina 1.6 y 1.5 veces más altos, respectivamente, en comparación con Beltanol. Los flavanoles y estibeno fueron más bajos en el tejido de callo de injertos con injertos saludables en comparación con injertos infectados. El portainjerto también mostró niveles más altos de catequina y dimers de proantocianidina en injertos con injertos HLT. Estos resultados indican que el estado de salud del injerto de GTD y los métodos de desinfección influyen significativamente en el rendimiento del injerto y la composición fenólica, proporcionando información valiosa para la gestión del GTD.