El tracto gastrointestinal (TGI) es una parte compleja, dinámica y crítica del cuerpo, que desempeña un papel importante en la digestión y absorción de nutrientes ingeridos y en la excreción de productos de desecho de la digestión. Además, el TGI también juega un papel vital en la prevención de la entrada de sustancias nocivas y patógenos potenciales en el torrente sanguíneo. El tracto gastrointestinal alberga un número significativo de microbios, que a través de sus metabolitos, interactúan directamente con los hospedadores. En la agricultura animal intensiva moderna, muchos factores pueden interrumpir las funciones del TGI. Dado que los nutrientes dietéticos y las sustancias biológicamente activas desempeñan roles importantes en el mantenimiento de la homeostasis y la eubiosis en el TGI, esta revisión tiene como objetivo resumir el estado actual de nuestro conocimiento sobre las áreas más importantes.