La identificación de RPL4 como un gen hub asociado con el tamaño de camada en cabras a través del análisis de red de coexpresión génica ponderada
Autores: Zhang, Zhifei; Tang, Xueying; Li, Dagang; Tong, Xiong; Min, Li; Chen, Weidong; Ju, Xianghong; Xu, Bin
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
La identificación de RPL4 como un gen hub asociado con el tamaño de camada en cabras a través del análisis de red de coexpresión génica ponderada
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Reproducción
Cabras
Genes
Secuenciación de ARN
Tamaño de camada
Genes marcadores
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La reproducción en cabras es un proceso altamente complejo y dinámico de regulación de la vida, que involucra una regulación coordinada de varios aspectos, como la regulación del sistema nervioso central, el desarrollo del sistema reproductivo, la maduración de los ovocitos y el desarrollo del óvulo fertilizado. En los últimos años, los investigadores han identificado numerosos genes asociados con el rendimiento reproductivo de las cabras a través de secuenciación de alto rendimiento, secuenciación de células individuales, eliminación de genes y otras técnicas. Sin embargo, todavía existe una necesidad urgente de explorar genes marcadores relacionados con el rendimiento reproductivo de las cabras. En este estudio, se obtuvo un conjunto de datos de secuenciación de ARN de células individuales de ovocitos (GSE136005) de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO). Se utilizó el Análisis de Redes de Coexpresión de Genes Ponderados (WGCNA) para identificar módulos altamente correlacionados con el tamaño de camada de las cabras. A través del análisis de enriquecimiento de funciones génicas, se encontró que los genes dentro de los módulos estaban principalmente enriquecidos en uniones adhesivas, ciclo celular y otras vías de señalización. Además, se identificaron los 30 principales genes clave con la mayor conectividad en WGCNA. Posteriormente, utilizando el análisis de red de Interacción Proteína-Protéina (PPI), se identificaron los 30 genes con la mayor conectividad dentro de los módulos. La intersección de los genes clave, los genes clave en la red PPI y los genes diferencialmente expresados (DEGs) llevó a la identificación del gen RPL4 como un gen marcador clave asociado con la capacidad reproductiva en ovocitos de cabra. En general, nuestro estudio revela que el gen RPL4 en ovocitos tiene potencial como un marcador biológico para evaluar el tamaño de camada de las cabras, profundizando nuestra comprensión de los mecanismos regulatorios subyacentes al rendimiento reproductivo de las cabras.
Descripción
La reproducción en cabras es un proceso altamente complejo y dinámico de regulación de la vida, que involucra una regulación coordinada de varios aspectos, como la regulación del sistema nervioso central, el desarrollo del sistema reproductivo, la maduración de los ovocitos y el desarrollo del óvulo fertilizado. En los últimos años, los investigadores han identificado numerosos genes asociados con el rendimiento reproductivo de las cabras a través de secuenciación de alto rendimiento, secuenciación de células individuales, eliminación de genes y otras técnicas. Sin embargo, todavía existe una necesidad urgente de explorar genes marcadores relacionados con el rendimiento reproductivo de las cabras. En este estudio, se obtuvo un conjunto de datos de secuenciación de ARN de células individuales de ovocitos (GSE136005) de la base de datos Gene Expression Omnibus (GEO). Se utilizó el Análisis de Redes de Coexpresión de Genes Ponderados (WGCNA) para identificar módulos altamente correlacionados con el tamaño de camada de las cabras. A través del análisis de enriquecimiento de funciones génicas, se encontró que los genes dentro de los módulos estaban principalmente enriquecidos en uniones adhesivas, ciclo celular y otras vías de señalización. Además, se identificaron los 30 principales genes clave con la mayor conectividad en WGCNA. Posteriormente, utilizando el análisis de red de Interacción Proteína-Protéina (PPI), se identificaron los 30 genes con la mayor conectividad dentro de los módulos. La intersección de los genes clave, los genes clave en la red PPI y los genes diferencialmente expresados (DEGs) llevó a la identificación del gen RPL4 como un gen marcador clave asociado con la capacidad reproductiva en ovocitos de cabra. En general, nuestro estudio revela que el gen RPL4 en ovocitos tiene potencial como un marcador biológico para evaluar el tamaño de camada de las cabras, profundizando nuestra comprensión de los mecanismos regulatorios subyacentes al rendimiento reproductivo de las cabras.