El microbioma intestinal es importante para la digestión, la aptitud del huésped y la defensa contra patógenos, lo que proporciona una herramienta para la evaluación de la salud del huésped. Los anfibios y sus microbiomas son altamente susceptibles a contaminantes, incluidos los antibióticos. Exploramos el papel de un microbioma intestinal no manipulado en la aptitud y el fenotipo de los renacuajos comparando renacuajos de un grupo de control (1) con renacuajos expuestos a: (2) Roundup (ingrediente activo glifosato), (3) cóctel de antibióticos (enrofloxacina, sulfametazina, trimetoprim, estreptomicina y penicilina), y (4) una combinación de Roundup y antibióticos. Los renacuajos en los tratamientos de antibióticos y combinación tenían el área corporal dorsal más pequeña y eran los menos activos en comparación con los renacuajos de control y los expuestos a Roundup, que eran menos activos que los renacuajos de control. La comunidad microbiana intestinal cambió significativamente entre tratamientos a niveles alfa, beta y de bacterias centrales. Sin embargo, no encontramos diferencias significativas entre los renacuajos expuestos a antibióticos y a la combinación, lo que sugiere que el antibiótico por sí solo fue suficiente para suprimir el crecimiento, cambiar el comportamiento y alterar la composición del microbioma intestinal. Aquí, demostramos que las comunidades microbianas intestinales de los renacuajos son sensibles a contaminantes ambientales, a saber, Roundup y antibióticos, lo que puede tener consecuencias para el fenotipo y la aptitud del huésped a través de un comportamiento y crecimiento alterados.