Las limitaciones y debilidades del cultivo continuo de melón se han agravado en los últimos años. Una rotación de melón-brócoli posiblemente pueda aliviar los problemas asociados con la monocultura de melón; sin embargo, los mecanismos subyacentes y su impacto en la comunidad microbiana del suelo de la rizosfera siguen siendo poco claros. Por lo tanto, se utilizó el secuenciamiento de alto rendimiento para evaluar la abundancia relativa y diversidad de la comunidad microbiana del suelo de la rizosfera bajo sistemas de rotación de melón-brócoli y monocultivo continuo de melón. Encontramos que la diversidad y riqueza relativa de hongos y bacterias aumentaron mientras que las abundancias relativas de hongos, como spp., disminuyeron significativamente bajo la rotación de brócoli. Durante el cultivo continuo, se identificaron Acidobacteria enriquecidas y spp., spp., y spp., que desempeñan roles importantes en aliviar los obstáculos del cultivo continuo de melón. El suelo bajo cultivo continuo se volvió ácido, sufrió salinización secundaria, acumuló rápidamente carbono orgánico y nitrógeno del suelo y perdió fósforo y potasio abundantes. En contraste, la rotación de brócoli mitigó parcialmente estas respuestas fisicoquímicas negativas. El análisis de redundancia reveló que el pH del suelo, el contenido de sales solubles del suelo y el carbono orgánico del suelo estaban vinculados a las estructuras de la comunidad bacteriana y fúngica del suelo. La rotación de melón-brócoli podría equilibrar efectivamente el microambiente del suelo y superar los desafíos y deficiencias asociados con el cultivo continuo de melón.