Para investigar el efecto del sistema de rotación de tierras de secano y tierras de regadío en las emisiones de gases de efecto invernadero, se monitorearon las emisiones de metano (CH) y óxido nitroso (NO) durante tres años en un campo de rotación de tierras de secano (cuatro cultivos (trigo-soja-arroz-arroz) durante tres años) y un campo de tierras de regadío continuo en suelo aluvial en el oeste de Japón. También se calculó el almacenamiento de carbono en el suelo utilizando un modelo mejorado de Carbono Rothamsted (RothC). El balance neto de gases de efecto invernadero se evaluó finalmente como la suma de COeq del CH, NO y los cambios en el almacenamiento de carbono en el suelo. Las emisiones promedio de CH fueron significativamente más bajas y las emisiones promedio de NO fueron significativamente más altas en el campo de rotación de tierras de secano que en el campo de tierras de regadío continuo ( < 0.01). En términos de equivalente de CO, las emisiones de CH fueron mucho más altas que las emisiones de NO. En total, las emisiones promedio de COeq de CH más NO en el campo de rotación de tierras de secano (1.81 Mg CO ha año) fueron significativamente más bajas que las del campo de tierras de regadío continuo (7.42 Mg CO ha año) ( < 0.01). El modelo RothC reveló que los cambios en el almacenamiento de carbono en el suelo correspondían a emisiones de COeq de 0.57 y 0.09 Mg CO ha año en ambos campos, respectivamente. En consecuencia, el balance neto de gases de efecto invernadero en los campos de rotación de tierras de secano y tierras de regadío continuo se estimó en 2.38 y 7.51 Mg CO ha año, respectivamente, lo que sugiere una reducción del 68% en el sistema de tierras de secano. En conclusión, el sistema de rotación de tierras de secano puede considerarse un tipo de manejo de suelos inteligente para el clima.