Este estudio investigó los efectos de las rotaciones de cultivos y diferentes proporciones de abono de estiércol de ganado lechero en la pérdida de nitrógeno y el rendimiento del arroz en la cuenca del lago Erhai. Dos tipos de hierbas se establecieron en la rotación: Ray-grass (R) y (var.) (V). El experimento involucró pruebas de campo de dos años con nueve tratamientos de manejo. Los resultados mostraron que la rotación de arroz con un 70% de fertilización química y un 30% de abono de estiércol de ganado lechero aumentó significativamente el rendimiento del arroz, al tiempo que reducía las pérdidas de escorrentía de nitrógeno y aumentaba la abundancia microbiana con nitrificación y fijación de nitrógeno. La abundancia microbiana varió entre los suelos probados, siendo , y los más altos en el arroz de 70% de fertilizante químico + 30% de estiércol (R-V) para mejorar el crecimiento de las plantas y fortalecer la eficiencia de la absorción de nutrientes, mientras que el de fue comparativamente más bajo para promover la estabilización a largo plazo del N en el suelo. El tratamiento 70% F-30% M R-V también disminuyó significativamente la actividad de las enzimas reductasa de nitrato y monooxigenasa de amonio, mejorando potencialmente la eficiencia del uso del fertilizante y reduciendo las pérdidas gaseosas. Los resultados del análisis de LEfSe indicaron que los fertilizantes 70% F-30% M R-V mejoraron significativamente las abundancias de genes metabólicos relacionados con la energía y el nitrógeno. Estos hallazgos sugirieron que un manejo agrícola apropiado utilizando la rotación de arroz y una fertilización de 70% química + 30% de estiércol de ganado lechero puede mejorar la calidad del suelo y la sostenibilidad de los agroecosistemas.