En organismos de orden superior, el genoma se ensambla en una estructura densa en proteínas llamada cromatina. La cromatina está organizada espacialmente en el núcleo a través de un plegado jerárquico, que está estrictamente regulado tanto en células en ciclo como en células en quiescencia. El ensamblaje y el plegado no son eventos únicos en la vida de una célula; más bien, están sujetos a cambios dinámicos para permitir modificaciones en la transcripción, la replicación del ADN o la reparación de daños en el ADN. La cromatina se regula en muchos niveles, y herramientas recientes han permitido la elucidación de factores específicos involucrados en el mantenimiento y la regulación de la organización del genoma tridimensional (3D). En esta revisión/perspectiva, nuestro objetivo es cubrir el potencial, pero relativamente no elucidado, diálogo entre la arquitectura del genoma 3D y los remodeladores de cromatina dependientes de ATP, con un enfoque específico en cómo las proteínas arquitectónicas CTCF y cohesina son reguladas por el remodelado de cromatina.