El objetivo de este estudio fue comparar los cargamentos de miARN en exosomas aislados de la leche de vacas sanas (H), vacas en riesgo de mastitis (ARM) y vacas con mastitis subclínica (SCM). Basado en el número de células somáticas y el porcentaje de células polimorfonucleares, 10 vacas fueron asignadas al grupo H, 11 al grupo ARM y 11 al grupo SCM. Después de aislar exosomas en la leche mediante precipitación isoeléctrica y ultracentrifugación, el ARN extraído fue secuenciado en lecturas simples de 50 pb de longitud, y estos fueron mapeados contra Btau_5.0.1. Los 225 miARN resultantes fueron subidos a la suite miRNet, y se identificaron genes objetivo basados en las bases de datos miRTarBase y miRanda. La lista de genes objetivo diferencialmente expresados resultantes de las comparaciones de los tres grupos fue enriquecida utilizando el Explorador de Funciones de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto. Un total de 38, 18 y 12 miARN fueron diferencialmente expresados (DE, < 0.05) en las comparaciones de H vs. ARM, ARM vs. SCM y H vs. SCM, respectivamente. Solo 1 miARN DE fue compartido entre los tres grupos (bta-mir-221), 1 miARN DE en la comparación H vs. SCM, 9 miARN DE en la comparación ARM vs. SCM y 21 miARN DE en la comparación H vs. ARM. Una comparación de las vías enriquecidas de los genes objetivo de las muestras H, SCM y ARM mostró que 19 vías fueron diferencialmente expresadas en los tres grupos, mientras que 56 fueron expresadas en la comparación H vs. SCM y 57 en la comparación H vs. ARM. Analizar los cargamentos de miARN de los exosomas de la leche puede considerarse un enfoque prometedor para estudiar la compleja maquinaria molecular puesta en marcha en respuesta a la mastitis en vacas lecheras.