Entre los numerosos casos de hibridación descritos en mamíferos, los más intrigantes son (a) los casos de hibridación introgresiva que afectan profundamente la historia evolutiva de las especies, y (b) los modelos que involucran no un par de especies, sino un complejo de múltiples especies. Por lo tanto, la historia de hibridación de la ardilla terrestre parda, cuyo rango ha cambiado repetidamente debido a fluctuaciones climáticas y ahora limita con los rangos de cuatro especies relacionadas, es de gran interés. Los principales objetivos de este estudio fueron determinar la dirección e intensidad de la introgressión genética, la profundidad espacial de la infiltración de genes extraños en el rango, y refinar la hipótesis del reemplazo hibridogénico de los genomas mitocondriales en el grupo estudiado. Utilizando análisis filogenético de la variabilidad de marcadores mitocondriales (CR) y nucleares, determinamos la contribución de especies vecinas al genoma. Mostramos que el 36% de los individuos tenían alelos extraños. Todas las especies periféricas que estaban en contacto contribuyeron a su variabilidad genética. También propusimos una hipótesis para la secuencia y localización de eventos de hibridación en serie. Nuestra evaluación de las implicaciones genómicas de la introgressión destaca la importancia de implementar medidas de conservación para proteger esta especie.